Gomologiya modellari ham tuzilmaviy ravishda hal etilmagan tegishli oqsillar orasidagi nozik farqlarni aniqlash uchun ishlatilishi mumkin . Masalan, usul Na+/K+ ATPazdagi kationlarni bog'lash joylarini aniqlash va turli ATPazlarning bog'lanish yaqinligi haqida farazlarni taklif qilish uchun ishlatilgan..
Gomologik modellar nima uchun ishlatiladi?
Gomologiyani modellashtirish - bu proteinning 3D tuzilishini uning aminokislotalar ketma-ketligidananiqlashda ishlatiladigan hisoblash strukturasini bashorat qilish usullaridan biri. Hisoblash strukturasini bashorat qilish usullaridan eng aniqi hisoblanadi. U oddiy va qoʻllash oson boʻlgan bir necha bosqichlardan iborat.
Gomologik modellashtirish nima va u nima uchun kerak?
Gomologik modellashtirish shablon va maqsadli ketma-ketliklar oʻrtasidagi oʻxshashlikka asoslangan maqsadli oqsilning uch oʻlchovli tuzilishini oladi va bu usul membrana oqsillarini oʻrganishda samarali ekanligini isbotlaydi. GPCR kabi kristallanish qiyin, chunki u … ni yuqori darajada tushunish imkonini beradi.
Omologik modelni qanday yaratasiz?
Gomologik modellashtirishda bir necha bosqichlar mavjud
- shablonni maqsad ketma-ketligingizdan foydalanib tanlang. Shu maqsadda siz barcha mavjud protein tuzilmalariga (PDB) qarshi BLASTp qidiruvini amalga oshirishingiz mumkin. …
- Shablon va maqsad ketma-ketligini moslashtirish. …
- Modelingiz sifati. …
- Aniqlashmos ravishda modelingiz.
Nima yaxshi homologik modellashtirishni ta'minlaydi?
Agar biz empirik tuzilmadan <=2 Å rmsd ga ega boʻlgan “juda muvaffaqiyatli homologiya modeli” deb taʼriflasak, shablon muvaffaqiyat uchun maqsad bilan >=60% ketma-ketlikka ega boʻlishi kerak. tarif >70%. Hatto yuqori ketma-ketlik identifikatorlarida ham (60%-95%), har oʻn homologiyali modeldan birida rmsd >5 Å vaga ega.
